En la penúltima fecha consiguió la Tabla Anual, lo cual no solo demostró ser el equipo más regular del año sino que le otorgaba ventajas en posibles finales por el “Uruguayo”. En el siglo XXI ganó los campeonatos Apertura 2001 y Clausura 2002, pero perdió ambas finales por el Campeonato Uruguayo ante el Club Nacional de Football. Finalizado este torneo, Danubio volvió a usar la camiseta anterior, la cual utilizó hasta antes de comenzar la rueda final del campeonato uruguayo de la divisional Extra de 1942, cuando se adoptó definitivamente el diseño de la actual. Así se irían a penales obteniendo el campeonato uruguayo el equipo franjeado; sumando así su cuarto título convirtiéndose en tetracampeón del torneo.

Independiente Santa Fe comenzó como un simple animador del torneo pero al final se coronó como el primer campeón del fútbol Colombiano. La segunda final algo estaba claro, habría un campeón, Danubio comienza ganando el partido con un gol de Leandro Sosa en el primer tiempo, dejando a Danubio un gol arriba. En el año 2013, Danubio disputaría el torneo Apertura, coronándose campeón del mismo luego de arrebatarle el primer puesto a Nacional que hasta la última fecha iba primero. El torneo se peleó fundamentalmente con Peñarol y casualmente debieron enfrentarse en la última fecha, los aurinegros llegaban al compromiso con 2 puntos de ventaja, por lo cual con solo empatar obtenían el título.

En fase de grupos a Peñarol por 4 a 1 en el Estadio Centenario, y luego en segunda fase dejando eliminado al en ese momento último campeón, el Club Nacional de Football, empatando el primer partido a cero para luego vencerlo también en el Centenario por 3 a 1. Luego derrotaría al Club de Deportes Cobreloa por 2 a 0 en Chile, y luego 2 a 1 en el Centenario. ↑ «Danubio derrotó a Peñarol por 8 a 0». 22 Universal. ↑ Gonzalez, Miguel Alvim (7 de marzo de 2013). «Copa Conmebol 1997». RSSSF. A su vez, se alejaron Jorge Anchén, Luciano Barbosa, Miguel Ximénez, Edison Cavani transferido al Palermo y Juan Salgueiro que se vinculó a un club mexicano.

↑ «Nacionalidades de jugadores que defendieron al Real Valladolid| Diario AS». ↑ Alexander, Jack. McCrae’s Battalion. En 2014, la empresa Umbro introdujo una camiseta negra con franja gris como primer alternativa, y una roja con banda negra como segunda alternativa. Cuando surgió la necesidad de tener camiseta de alternativa, Danubio optó por una camiseta que es absolutamente inversa a la original (negra con franja blanca), camisetas de futboll la cual es reconocida como la clásica camiseta de alternativa del club. En el caso del escudo, en la parte superior hay una banda blanca en la que aparece la inscripción «D.F.C.» (Danubio Fútbol Club) en negro, mientras que en la bandera las iniciales del club aparecen en la misma franja negra que la conforma, en color blanco.

Cabe destacar una innovación en la primera equipación durante la temporada 2016-17, en la que vistió una camiseta blanca hecha con plástico reciclado de desechos encontrados en las costas de las Maldivas, en el Océano Índico. La temporada 2019-20 comenzó marcada por la ausencia de una pretemporada al uso, debido a las rondas previas de la UEFA Europa League. En la temporada 2019-20 el club volvió a batir el récord de abonados, alcanzando la cifra de 22 212 . A partir de 2005, el club fue exigido a presentar una tercera camiseta para enfrentar a equipos albinegros tales como el propio Wanderers o Miramar Misiones.

Por otra parte, en lo que respecta a los modos de juego, se reincorporó el Modo Liga y se brindó la posibilidad de participar en partidos amistosos y torneos entre equipos de diferentes regiones. Durante los años 2016 y 2017 compitió de forma amateur en la Liga de Basketball de Montevideo.

Contra Inglaterra, por los cuartos de final, Argentina debía volver a utilizar la misma equipación; sin embargo, por orden del cuerpo técnico, se decidió utilizar un uniforme azul oscuro, de segunda marca, muy similar al uniforme original; el cual se adquirió de forma desesperada, unas horas antes del trascendental encuentro.